Mardi 8 juillet 2014.- Une équipe de chercheurs du Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) a participé à une enquête internationale qui a identifié 518 nouvelles microbactéries, totalement inconnues jusqu'à présent, dans le microbiote humain (flore intestinale).
La recherche, dans laquelle les scientifiques ont utilisé une nouvelle approche de l'analyse bioinformatique, a également élargi le catalogue des gènes microbiens connus, de 3 à 10 millions.
Les résultats de cette recherche, publiés dimanche par la revue Nature Biotechnology, font partie du projet européen MetaHIT (Metagenomics Human Intestinal Tract), doté de 11, 4 millions d'euros pour enquêter sur le lien entre le microbiome humain et la santé et la maladie . Le Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) est l'un des 13 participants à ce projet - et le seul centre espagnol - sous la direction du Dr Francisco Guarner, qui a expliqué que tous les échantillons étudiés n'ont pas cette nombre d'espèces inconnues.
Les échantillons de la flore intestinale de certains individus contiennent très peu de ces espèces et, analysés en détail, ils ont constaté qu'il s'agissait d'échantillons de patients atteints de la maladie de Crohn. "Cela suggère que ces espèces, jusqu'ici inconnues, sont peut-être celles qui font la différence entre le microbiote des personnes en bonne santé et celui des malades", a annoncé Guarner.
Selon le chercheur, ces données ouvrent des stratégies pour tenter de récupérer ces espèces grâce à des interventions nutritionnelles: administration de fibres, prébiotiques favorisant la croissance sélective de certaines espèces ou probiotiques.
Ces bactéries inconnues sont probablement des soi-disant "bonnes bactéries" car ce ne sont pas les bactéries typiques qui provoquent une infection, ni connues ni isolées auparavant. Selon Guarner, les bactéries découvertes ne peuvent pas être isolées car "presque certainement, elles ne survivraient pas en dehors du côlon pour être transplantées".
Le responsable des travaux et chercheur du groupe VHIR de physiologie et physiopathologie digestive a indiqué que les nouvelles espèces découvertes "ne sont pas cultivables, sont très sensibles à l'oxygène, c'est-à-dire qu'elles sont des anaérobies très strictes et établissent une grande dépendance vis-à-vis de leur environnement pour pouvoir survivre. " "Pour la même raison, lorsque nous sommes allés dans les bases de données, nous n'avons trouvé aucune trace et jusqu'à présent, nous ne savions rien à leur sujet", a déclaré Guarner.
La découverte a été possible grâce à une nouvelle approche de l'analyse bioinformatique qui a permis à ces espèces de "faire surface".
"Actuellement - selon Guarner -, seulement 10% du matériel génétique séquencé est connu avec une fiabilité de 95%. Cela laisse une énorme zone grise sur laquelle on travaille actuellement."
L'étude a détecté 741 espèces métagénomiques différentes, du nom de l'impossibilité de leur attribuer un nom. En contraste avec les bases de données, les chercheurs ont vu que 115 de ces espèces étaient déjà connues, tandis que 518 sont inconnues; les 108 restants sont partiellement connus.
"Maintenant, nous savons à quoi ressemble le génome de ces espèces métagénomiques, mais pas leurs noms et prénoms", a expliqué Guarner.
Il existe un petit nombre dont l'espèce n'est pas connue, mais leur sexe ou la famille à laquelle ils appartiennent, et environ 200 espèces métagénomiques de celles décrites ne peuvent en aucun cas être classées, car plus de 80% de leurs gènes sont totalement inconnus de aujourd'hui
Selon les scientifiques, les micro-organismes qui vivent chez l'homme représentent environ 100 milliards, soit 10 fois plus que le nombre total de cellules humaines.
Les premiers résultats de ce même projet, en 2010, indiquaient 3 300 000 gènes différents, traduits en 20 000 fonctions différentes, dont 5 000 étaient totalement inconnues jusqu'à présent.
Chaque personne possède environ 600 000 de ces gènes microbiens et 300 000 se répètent constamment parmi tous les individus. "Dans cette nouvelle étude, le nombre est multiplié par trois et 9 879 896 gènes différents sont atteints", a déclaré Guarner.
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La recherche, dans laquelle les scientifiques ont utilisé une nouvelle approche de l'analyse bioinformatique, a également élargi le catalogue des gènes microbiens connus, de 3 à 10 millions.
Les résultats de cette recherche, publiés dimanche par la revue Nature Biotechnology, font partie du projet européen MetaHIT (Metagenomics Human Intestinal Tract), doté de 11, 4 millions d'euros pour enquêter sur le lien entre le microbiome humain et la santé et la maladie . Le Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) est l'un des 13 participants à ce projet - et le seul centre espagnol - sous la direction du Dr Francisco Guarner, qui a expliqué que tous les échantillons étudiés n'ont pas cette nombre d'espèces inconnues.
Les échantillons de la flore intestinale de certains individus contiennent très peu de ces espèces et, analysés en détail, ils ont constaté qu'il s'agissait d'échantillons de patients atteints de la maladie de Crohn. "Cela suggère que ces espèces, jusqu'ici inconnues, sont peut-être celles qui font la différence entre le microbiote des personnes en bonne santé et celui des malades", a annoncé Guarner.
"Bonnes bactéries"
Selon le chercheur, ces données ouvrent des stratégies pour tenter de récupérer ces espèces grâce à des interventions nutritionnelles: administration de fibres, prébiotiques favorisant la croissance sélective de certaines espèces ou probiotiques.
Ces bactéries inconnues sont probablement des soi-disant "bonnes bactéries" car ce ne sont pas les bactéries typiques qui provoquent une infection, ni connues ni isolées auparavant. Selon Guarner, les bactéries découvertes ne peuvent pas être isolées car "presque certainement, elles ne survivraient pas en dehors du côlon pour être transplantées".
Le responsable des travaux et chercheur du groupe VHIR de physiologie et physiopathologie digestive a indiqué que les nouvelles espèces découvertes "ne sont pas cultivables, sont très sensibles à l'oxygène, c'est-à-dire qu'elles sont des anaérobies très strictes et établissent une grande dépendance vis-à-vis de leur environnement pour pouvoir survivre. " "Pour la même raison, lorsque nous sommes allés dans les bases de données, nous n'avons trouvé aucune trace et jusqu'à présent, nous ne savions rien à leur sujet", a déclaré Guarner.
Différentes espèces métagénomiques
La découverte a été possible grâce à une nouvelle approche de l'analyse bioinformatique qui a permis à ces espèces de "faire surface".
"Actuellement - selon Guarner -, seulement 10% du matériel génétique séquencé est connu avec une fiabilité de 95%. Cela laisse une énorme zone grise sur laquelle on travaille actuellement."
L'étude a détecté 741 espèces métagénomiques différentes, du nom de l'impossibilité de leur attribuer un nom. En contraste avec les bases de données, les chercheurs ont vu que 115 de ces espèces étaient déjà connues, tandis que 518 sont inconnues; les 108 restants sont partiellement connus.
"Maintenant, nous savons à quoi ressemble le génome de ces espèces métagénomiques, mais pas leurs noms et prénoms", a expliqué Guarner.
Il existe un petit nombre dont l'espèce n'est pas connue, mais leur sexe ou la famille à laquelle ils appartiennent, et environ 200 espèces métagénomiques de celles décrites ne peuvent en aucun cas être classées, car plus de 80% de leurs gènes sont totalement inconnus de aujourd'hui
Une personne possède 600 000 gènes microbiens
Selon les scientifiques, les micro-organismes qui vivent chez l'homme représentent environ 100 milliards, soit 10 fois plus que le nombre total de cellules humaines.
Les premiers résultats de ce même projet, en 2010, indiquaient 3 300 000 gènes différents, traduits en 20 000 fonctions différentes, dont 5 000 étaient totalement inconnues jusqu'à présent.
Chaque personne possède environ 600 000 de ces gènes microbiens et 300 000 se répètent constamment parmi tous les individus. "Dans cette nouvelle étude, le nombre est multiplié par trois et 9 879 896 gènes différents sont atteints", a déclaré Guarner.
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